酱油废水具有色度高、盐度高、有机物浓度高的特点，属较难处理的工业废水。但其可生化性较好，此外，酱油酿造工业的清洁生产、废水回收治理己受到越来越多的关注。目前广泛采用的自清洗过滤器处理方法能达到较好效果。
自清洗过滤器整个控制系统都是采用高科技程序编程不需人工干预，可以根据水质自行调节清洗频率，而且自身带有报警系统，可以自动检测故障，自动化程度很高。它的清洗功能可以在自清洗的同时反冲洗，以确保滤网内部所有杂质都能清洗干净。这种二代新型高压辅助全自动过滤器专门可以去除水中的粘性悬浮物高，杂质细小难以拦截的状况。经全自动自清洗过滤器的酱油酿造废水作为廉价培养基，既可以完全利用废水中丰富的营养物作为产生微生物絮凝剂的碳源，又可以降低水中的污染物，特别是的含量，达到双重功效我国酱油渣产量很大，由于其富含家畜及微生物生长所需的营养，经发酵后可制成微生物培养基、蛋白饲料，或直接作为饲料用于猪、鱼类的养殖。。
此外，酱油渣也可应用于制曲等工艺。但我国目前对酱油渣的开发利用还进行得不多。随着竞争的加剧以及环保意识的加强，从酱油渣中提取油脂、膳食纤维、磷脂、黄酮等将引起人们更多的关注随着科学技术的不断进步，自清洗过滤器处理酱油废水工艺将逐渐完善，其投资运行费用低、操作简单、效果稳定的特点将给酱油酿造工业带来新的希望。